稅收實踐中關于權責發生制原則的具體運用與會計準則中的權責發生制有所不同，它還受制于稅基確定性的原則要求。例如，按照會計準則中的權責發生制原則，屬于當期的費用，不論款項是否支付，均應作為當期費用，然而，在企業所得稅匯算清繳時，如果企業未取得與費用有關的合法、有效憑證，則通常不能扣除相應費用。而在收入確認方面，稅法中的權責發生制同樣有其獨特之處。
　　(二)分類與確認：關于計稅收入的基本規定
　　1、新法中將收入分為應稅收入、免稅收入、不征稅收入三類，其中不征稅收入是一個新的收入范疇。新法第七條規定的不征稅收入包括：財政撥款;依法收取并納入財政管理的行政事業性收費、政府性基金;國務院規定的其他不征稅收入。條例第二十六條明確規定，“政府性基金”是指企業依照法律、行政法規等有關規定，代政府收取的具有專項用途的財政資金;“國務院規定的其他不征稅收入”是指企業取得的，由國務院財政、稅務主管部門規定專項用途并經國務院批準的財政性資金。這一規定顯然承襲了《財政部、國家稅務總局關于企業補貼收入征稅等問題的通知》(財稅[1995]81號)中的有關規定，企業取得的各種財政性資金能否不作應稅收入，必須符合規定條件并有國家明文列舉。在既往的部門規章中，明文規定的不征稅收入只限于較小的范圍之內，新法實施后這些項目是否延續，是否有所調整，則是需要關注的實際問題。
　　不過，在收入與扣除及虧損彌補的關系上，新法及條例發生了重要變化。《國家稅務總局關于企業的免稅所得彌補虧損問題的通知》(國稅發[1999]34號)規定：“如果一個企業既有應稅項目，又有免稅項目，其應稅項目發生虧損時，按照稅收法規規定可以結轉以后年度彌補的虧損，應該是沖抵免稅項目所得后的余額。此外，雖然應稅項目有所得，但不足彌補以前年度虧損的，免稅項目的所得也應用于彌補以前年度虧損。”例如，A公司2008年度應稅收入為900萬元，相應扣除額為1 000萬元，同時從子公司分回利潤260萬元(即免稅收入)。如果按照國稅發[1999]34號文的規定，A公司應稅項目的虧損100萬元必須以免稅收入260萬元予以彌補，則結轉以后年度的虧損為0。而新法第五條規定：“企業每一納稅年度的收入總額，減除不征稅收入、免稅收入、各項扣除以及允許彌補的以前年度虧損后的余額，為應納稅所得額”。條例第十條規定：“企業所得稅法第五條所稱虧損，是指企業依照企業所得稅法和本條例的規定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數額”。據此，A公司2008年度的應納稅所得額為：(收入總額1 160-免稅收入260)-扣除額1 000= -100(萬元)，即存在可結轉以后年度彌補的虧損100萬元。