企業在進行專項審計前，應按照《高新技術企業認定申請書》中的格式，準備好企業研究開發項目情況表、上年度高新技術產品（服務）情況表、企業年度研究開發費用結構明細表以及相關財務資料。 然后選擇符合條件的中介機構，對企業近三個會計年度研究開發費用和近一個會計年度高新技術產品（服務）收入進行專項審計。 中介機構應客觀、公正地進行審計工作，并出具相應的專項審計報告。
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